K založení náboženské obce pravoslavné v Přerově došlo dne 16. září 1924. Za přípravným výborem se k pravoslaví přihlašovali další věřící v počtu asi 300 duší i se dvěma třetinami tehdejší rady starších. Skupina však přešla k pravoslaví bez duchovního, což mělo vliv na očekávané další přestupy, které se již neuskutečnily. Dne 28. října vykonal v Přerově otec Josef Rezek z Olomouce první pravoslavnou bohoslužbu. Na žádost Sboru starších v Přerově byl Synodální radou pověřen vyučováním náboženství 54 dětí otec Alois Václav Čikl, bývalý duchovní správce církve československé v Tovačově. Dne 24. listopadu roku 1924 přišel do Přerova a začal vyučovat náboženství. Dne 8. března 1925 sloužil po svém ustanovení otec Václav první slavnostní bohoslužbu.
Počátky přerovské pravoslavné církevní obce nebyly vůbec snadné. O těžkém postavení pravoslavných v počátcích se zmiňuje otec Čikl i ve svém referátu: „…Bylo nám třeba podnikati tuhé zápasy na všech stranách, neboť bylo všechno proti nám. Lidé věcí neznalí nás odsuzovali, ztratili jsme veškerou přízeň a byli ponecháni jen sami sobě. Diecesní rada církve československé v Olomouci zakázala nám vstup do kancelářské místnosti, přisvojila si veškeren inventář a nedovolila nám sloužiti ani bohoslužbu ve školní místnosti, která k tomu účelu byla propůjčena místní školní radou, právě tak jako byla propůjčena místnost kancelářská a tedy žádná ze jmenovaných místností nebyla majetkem církve československé. Tím se pravoslavná skupina dostala do velmi těžkého postavení. Stáli jsme zde s holýma rukama, všechno jsme ztratili, neměli se kde scházeti, neměli kde bohoslužby sloužiti, byli jsme tupeni a osočováni a veřejnost se k nám chovala až nepříznivě lhostejně…“Přes všechny těžkosti se život obce začal pomalu rozbíhat. Náboženská obec se pozvolna upevnila, pořídila péčí otce duchovního všechny bohoslužebné potřeby, vznikl pěvecký sbor, zřídila též vzdělávací a zábavní spolek „Slovan“, loutkové divadélko, založila stavební odbor a snažila se též informovat veřejnost o pravoslaví veřejnými přednáškami. V září roku 1929 byl v Přerově jako jeden z prvních založen kroužek pravoslavné mládeže.
Pravoslavné bohoslužby v Přerově se zprvu odehrávaly v aule měšťanské školy na Palackého ulici. Byl to stav víceméně provizorní a bylo jasné, že je potřeba sehnat důstojnější prostory. Od ukrajinského emigranta ing. Kollarda se na počátku 30. let otec Václav dozvěděl, že na Podkarpatské Rusi by byl k prodeji dřevěný chrám. Nacházel se v obci Hlyňance u Činadijeva a mělo jej v patrnosti školské oddělení zemského úřadu v Užhorodě. Po propočtech bylo zjištěno, že kostelík je pro potřeby obce malý, a tak přikročili k plánu postavit si dřevěnou stavbu z vlastních zdrojů. Celá akce nakonec skončila na několikerém odmítnutí městských úřadů v Přerově.
Nová naděje svitla v roce 1931 při jednání s německými evangelíky o pronájmu jejich kostela za vlakovým nádražím. Po prohlídce chrámu došlo 21. dubna 1931 k jednání s evangelickou církví v Olomouci o pronájmu chrámu. Na rozdíl od předchozího složitého procesu, přišla již v polovině května kladná odpověď. Po jednání s evangelíky 22. května v Olomouci ohledně smlouvy, nestálo již bohoslužbám v chrámu nic v cestě. Postupně byly provedeny potřebné opravy a úpravy, aby vyhovoval základním liturgickým pravidlům. Během následujících let byl pořízen ikonostas, který vysvětil 2. dubna 1933 biskup Gorazd. „Život církevní obce se získáním kaple a nadšením členů pozvedl“, vzpomíná kronika přerovské církevní obce.Počátek třicátých let minulého století byl pro církevní obec klíčovou dobou. Získala chrám, ale hlavně se na svém I. ustavujícím parochálním shromáždění dne 1. února 1931, ustavila jako samostatná církevní obec. Přerovská obec poté spravovala v podstatě celou východní Moravu. Měla nejprve dvě filiální obce v Tovačově a v Kroměříži. Od roku 1935 přibyla obec ve Zlíně a od roku 1938 v Uherském Hradišti. Otec Čikl vyučoval od počátku náboženství na několika školách v Přerově, dále ve filiálních obcích v Tovačově a Kroměříži. Od roku 1928 jezdil vyučovat do Uherského Hradiště, od roku 1930 do Polkovic a od roku 1932 do Kojetína.
Nastala však těžká doba. Po těžké krizi církevní obce v polovině 30. let a zdravotních problémech otce Václava, přichází osudové události naší vlasti roku 1938. V předchozím roce zemřel pražský duchovní správce otec Kauer a na tak důležité místo vladyka Gorazd počítal s otcem Čiklem. Dne 27. března 1938 sloužil otec Čikl poslední bohoslužbu v Přerově a za tři dny se s rodinou odstěhoval do Prahy. Tehdy jistě netušil, jak osudový krok učinil. Na jeho místo jako administrátor nastoupil otec Bohumil Švec. Na
konci 30. let bylo potřeba znovu řešit problematiku chrámu. V Přerově se začalo usídlovat větší množství občanů německé národnosti a evangelická církev uvažovala o zrušení nájemní smlouvy na chrám, uzavřené do roku 1940, kvůli vlastním potřebám. Přerovští se znovu pokusili o postavení vlastního chrámu, ale opět marně. Po obsazení naší republiky Němci plynula následující léta v těžkém ovzduší perzekuce českého národa, která vyvrcholila roku 1942 po atentátu na zastupujícího říšského protektora Heydricha krutým vražděním. V pravoslavném chrámu svatých Cyrila a Metoděje v Praze byl objeven úkryt parašutistů. Pravoslavní duchovní (mezi nimi i bývalý přerovský duchovní správce otec Čikl) byli popraveni, církev byla rozpuštěna a majetek zabaven.Po druhé světové válce se život pravoslavné obce začal postupně obnovovat: „…Všechny pravoslavné chrámy byly otevřeny, rychle zbaveny špíny a mnohde vandalského zpustošení od Němců a všude byly co nejdříve slouženy první děkovné bohoslužby. V Přerově jsme konali první sv. liturgii dne 2. června 1945. Sloužil d.o. prot. V. Kolomacký. Všechen chrámový inventář Němci ukradli a odvezli, takže bylo nutno postarat se především o to nejnutnější bohoslužebné nádobí, roucho a jiné nezbytnosti. Střih na roucho zhotovil d.o. prot. V. Kolomacký a sám ušil za pomoci obětavých sester Kovaříkové a Sehnalové kompletní roucho. Pomohl
také zaopatřit bohoslužebné nádoby. První schůze sboru starších se konala dne 12. července 1945 v dělnickém domě. Bylo oznámeno místnímu národnímu výboru v Přerově a okresnímu národnímu výboru, že naše církev zahájila znovu svou činnost a vyřizování úřední agendy…“ Poválečný sbor starších tvořili: Kovařík-předseda, Coufal, Otáhal, Vítek, Chrastina, Vaněk a Zehnal. Z nucených prací v Německu se vrátil duchovní Bohumil Švec. Bohoslužby se konaly opět ve starém chrámu německých evangelíků za nádražím. Z koncentračních táborů se do Přerova vrátily i osiřelé dcery popravených manželů Čiklových Olga a Taťána. Ujal se jich jejich kmotr Norbert Coufal. Ten byl jednatel církevní obce a státními úřady byl pověřen národní správou majetku bývalé německé evangelické církve v Přerově, k němuž patřil i chrám, kterého využívala církevní obec ke svým bohoslužbám. Bylo však potřeba jiný bohoslužebný prostor. Až do počátku 50. let probíhaly neúspěšné pokusy představitelů církevní obce získat nebo pronajmout starou synagogu.
Válečné a poválečné události přerovskou pravoslavnou obec těžce postihly. Nejvíce utrpěl pěvecký sbor. Mnoho mladých lidí odešlo do pohraničí a 1. září 1946 odešel i dlouholetý vynikající dirigent pěveckého sboru Florian Šmíd, který se stal ředitelem hudební školy v Prostějově. Z pravoslavné církve odešel otec Švec a na jeho místo přišel mladý otec Otakar Pavel Axman. Ten však byl po dvou letech poslán do Chudobína. Duchovním správcem se stal otec Jaroslav Němeček, který však byl v prosinci 1950 přeložen do Chudobína a administrátorem se na několik měsíců stal otec Prokop Vokoun z Kroměříže. V následujícím roce administrovali obec otec Miroslav Mužík z Kroměříže a otec Ladislav Crhák z Prostějova.
Na konci roku 1950 zakoupil předseda Petr Chrastina od Židovské náboženské obce starou synagogu, kterou pak v následujícím roce převedl na pravoslavnou církevní obec. Chrám byl ve velmi špatném stavu a byly nutné nejen opravy, ale i liturgické úpravy. V červenci roku 1952 přišel nový duchovní správce otec Lev Doseděl, reemigrant z Jugoslávie. Až do listopadu roku 1953 probíhaly v nově zakoupeném chrámu zednické, betonářské a řemeslnické práce a věřící se stále scházeli na bohoslužby ve chrámu starém. Vysvěcení nového chrámu se uskutečnilo dne 20. prosince 1953.Na počátku 50. let se osamostatnila církevní obec v Kroměříži, ale ostatní filiální obce ve Zlíně, v Tovačově a v Uherském Hradišti postupně upadly. V roce 1955 začala přerovská obec znovu administrovat věřící v Kroměříži. Roku 1964 odešel po dvanácti letech z farnosti otec Doseděl a přerovská pravoslavná obec na třicet jedna let ztratila stálého pastýře. Sloužit bohoslužby a spravovat církevní obec jako administrátor poté dojížděl z Olomouce do Přerova její bývalý duchovní správce otec Axman. Nakonec mu tato funkce zůstala po celých 30 let.
Po II. světové válce procházela společnost velikou politickou a sociální proměnou. Nový režim propagoval jiné hodnoty, mladá generace se ve škole nesměla dovídat o Bohu, aktivní křesťané byli pronásledováni a církev byla zneužívána k politickým cílům nového režimu. Ubyl počet dětí na hodinách náboženství a v roce 1958 úplně skončil. Během padesátých let začala vymírat generace, která stála u počátků církevní obce. A tak stránky kroniky přerovské církevní obce jsou zaplněny řadou smutečních oznámení o zesnutí věrných a obětavých pracovníků na Boží vinici. Přerovská obec nebyla po II. světové válce posílena novými věřícími z řad reemigrovaných volyňských Čechů, a tak se členská základna povážlivě zmenšila. Roky další by se daly shrnout do několika vět, které jsou zapsány v kronice přerovské pravoslavné obce sestrou Valentovou: „Lidé velmi ve věcech víry zlhostejněli, což se všude citelně prolíná. Kéž se pochopí příslušnost církvi jako závazek.“ Situaci ve společnosti pak hodnotí takto: „V občanském životě lze říci, že se lidé mají velmi dobře, až přepychově, jinak je tomu však po mravní stránce. Opravdu dobrého křesťana bolí poznání velké lhostejnosti k duchovnímu životu a práci pro církev. Tento jev je ve všech církvích. I mnozí pravoslavní se ženou za mátohou hmoty a poživačnosti, když přijde odplata, nepřijímají ji co spravedlivou“. V roce 1994 začal na církevní obci působit jako žalmista Libor Raclavský, který se o rok později stal jejím duchovním správcem. Podařilo se mu kulturními akcemi upozornit na stav budovy chrámu a vyjednat pomoc od města Přerova při jeho opravách. Jednání probíhala od roku 1996, kdy obec dostala první dotace. Po povodních následujícího roku se podařilo získat další finance na opravu od města Přerov a Ministerstva kultury.V polovině roku 1999 byl opraven interiér chrámu. V chrámové lodi začal aktivně probíhat bohoslužebný život, který byl v předchozích letech narušován probíhajícími opravami. Novinkou bylo zřízení výstavních prostor na horní galerii. Konalase zde spousta výstav o ikonách, o sv. Hoře Athos, o zničených chrámech v Kosovu, o výpravě na Ochrid apod. Následovaly výstavy prací různých fotografů. Mezi nejznámější patřili J. Štreit aj. Šetlík. K výstavám se přidaly další kulturní a vzdělávací akce – koncerty, zájezdy, besedy, přednášky a výuky. K organizaci těchto akcí bylo založeno Sdružení pro klasické kulturní hodnoty Byzantion. Výborné akustiky chrámu začaly ke svým koncertům využívat různé pěvecké soubory a bylo zde natočeno i několik hudebních záznamů. O aktivitách přerovské pravoslavné obce informoval v roce 2004 i Křesťanský magazín v České televizi. O pět let později se v našem chrámu natáčel pro ČT 2 přímý přenos bohoslužby, který proběl také díky dlouholeté spolupráci s přerovským pěveckým sborem Vokál.
V roce 2001 se nakonec uskutečnila rekonstrukce fasády chrámu, v následujícím roce byla dokončena jeho celková rekonstrukce a proběhlo jeho svěcení, které vykonal biskup Simeon. Od roku 2004 začali prořídlou církevní obec doplňovat věřící z Podkarpatí. Aktivita církevní obce přešla z misijních kulturních akcí k činnosti upevňující vnitřní život církevní obce. Přibyla společná setkání a začal pravidelný nácvik bohoslužebného zpěvu. Od roku 2006 církevní obec rozjela misijní činnost na Valašsku. Její součástí bylo i pravidelné sloužení několika bohoslužeb v roce v dřevěném chrámu sv. Anny (Valašské muzeum v přírodě) v Rožnově pod Radhoštěm nebo u věřících v jeho okolí. Později přibyly ve spolupráci s Pravoslavnou církevní obcí v Ostravě – Pustkovci bohoslužby v dřevěném chrámu v Kunčicích pod Ondřejníkem a pouze na Radhošť. V roce 2012 shromáždil duchovní správce prot. Libor Raclavský, k výročí tragických událostí pravoslavné církve v období heydrichiády, dokumenty, které slouží jako stálá výstava na chrámové galerii. Díky těmto dokumentům dokončil duchovní správce i knihu o knězi A. V. Čiklovi, která byla v roce 2014 vydána díky podpoře Města Přerov, Olomouckého Kraje, Národního památníku hrdinů heydrichiády a Olomoucko-brněnské eparchie pravoslavné církve.