Die orthodoxe Kirche der heiligen Cyrillus und Methodeus befindet sich am südlichen Rand der städtischen Baudenkmalzone von Přerov. Das historische sakrale Objekt der ehemaligen Synagoge von Přerov steht auf der Stelle der ursprünglichen Synagoge. Sie stammte wahrscheinlich aus dem 16. Jahrhundert. Im Jahre 1832 wurde sie durch einen Brand vernichtet, 1860 wieder aufgebaut und im Jahre 1868 nochmals durch einen Brand zerstört. Der heutige Jugendstil-Bau ist das Ergebnis einer Rekonstruktion aus dem Jahre 1898, nach einem Projekt des Přerover Landsmanns jüdischer Abstammung und Wiener Architekten Jakob Gartner. Seit damals hat sich die Kirche kaum mehr verändert.
Die ersten Erwähnungen über die Anwesenheit von Juden in Přerov stammen aus der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts. Zuverlässig können diese aber erst hundert Jahre später nachgewiesen werden. Mehr Nachrichten über Přerover Juden stammen aus dem 16. Jahrhundert, als während der Herrschaft der Herren aus Pernštejn die Stadt ihre Wirtschaftsblüte erreichte. Dank dem, dass die Juden den Schutz von einigen machtvollen Stadtbesitzern (Herrschaft Pernštejn´s, Žerotín´s) genossen, gründeten sie kein Ghetto, sondern lebten zerstreut in einer sogenannten „jüdischen Straße“. Dies war ein schmaler, gedehnter Platz. Auf der östlichen Seite standen die jüdische Schule und das Spital. Auf der nordwestlichen Seite stand die Synagoge. Trotz vieler Maßnahmen des Staates für eine Reduzierung des Anstiegs der Zahl jüdischer Bewohner im Lande, war ihre Zahl in Přerov wachsend. Seit Mitte des 19. Jahrhunderts bis Ende der dreißiger Jahre des 20. Jahrhunderts kam es, hauptsächlich unter der jungen Generation, zu einer Migration der jüdischen Bevölkerung, in große Industriestädte. In Přerov selbst kam es seit den neunziger Jahren des 19. Jahrhunderts zu einem stetigen Rückgang der jüdischen Bevölkerung. Im Zweiten Weltkrieg wurden die meisten Angehörigen der jüdischen Gemeinde in Konzentrationslager verschleppt, wo beinahe alle ums Leben kamen. Die Synagoge blieb jedoch während dem Krieg verschont. Sie diente als Lagerstätte. Im Jahre 1951 kaufte die Orthodoxe Kirchengemeinde in Přerov diese Synagoge der Jüdischen Kultusgemeinde in Olomouc ab.
Die Přerover orthodoxe Gemeinde entstand im Jahre 1924 nach der Trennung von orthodox denkenden Gruppen in der damaligen Tschechoslowakischen Kirche. Nach dieser Trennung wechselten in Přerov ca. 300 Gläubige zum orthodoxen Glauben. Václav Čikl wurde der erste orthodoxe Geistliche. Nach erfolglosen Versuchen eine eigene Kirche zu bauen, konnte im Jahre 1931 von der Deutschen Evangelischen Kirche in Olomouc eine Kapelle in pseudogotischem Stil gemietet werden. Die Kapelle wurde später dem hl. Wenzel geweiht und so geändert, dass sie den liturgischen Regeln entsprach. Pater Čikl, der Ende der dreißiger Jahre nach Prag ging, wurde im Jahre 1942 hingerichtet, gemeinsam mit Bischof Gorazd, Pfarrer Vladimír Petřek und Jan Sonnevend. Dies, weil sie die Fallschirmspringer versteckten, die das Attentat auf den deutschen Reichsprotektor Reinhard Heydrich verübt hatten. Die orthodoxe Kirche wurde am 27. September 1942 aufgelöst. Während dieser Zeit verloren viele Orthodoxe ihr Leben in Konzentrationslagern und Gaskammern. Nach der Beendigung des II. Weltkriegs kam es zur Erneuerung der orthodoxen Kirche.Wegen einer Erweiterung der Eisenbahnstrecke, sollte Anfang der fünfziger Jahre die bisherige orthodoxe Kirche abgerissen werden. Deshalb entschloss sich die Kirchengemeinde, für Gottesdienste die ehemalige Synagoge zu kaufen und diese bei Bedarf und für Gottesdienste der orthodoxen Kirche zurechtzumachen. Da das Gebäude auch nach dem Krieg noch als Lager diente, befand es sich in einem sehr schlechten Zustand. Nach einer umfangreichen Renovation wurde die Kirche 1953, vier Tage vor Weihnachten, den heiligen Kirchenlehrern Cyrillus und Methodeus geweiht.
In den sechziger Jahren sollte die Kirche wegen dem Bau eines Wärmeleitungsnetzes abgerissen werden. Es wurden keine größeren Renovationsarbeiten mehr ausgeführt. Das Gebäude verlor sich allmählich im anonymen Quartier.. All dies zeigte sich an seinem Zustand.
Im Jahre 1996 begann die Zusammenarbeit der Orthodoxen Kirchengemeinde des Stadtamtes in Přerov zur Rettung des baufälligen Objekts. Ein Jahr später wurde die Kirche zum Kulturdenkmal erklärt. Dank der finanziellen Unterstützung des Stadtamtes in Přerov sowie des Kulturministeriums ist es bis Mitte Juli 1999 gelungen, die Innenräume der Kirche zu renovieren. Die äußeren Bauarbeiten wurden zwei Jahre später mit der Renovierung der Fassade, der Erneuerung des Dachbelags sowie des Dachstuhls abgeschlossen. An der renovierten Kirche wurden zwei Gedenktafeln für jüdische und orthodoxe Opfer des II. Weltkriegs angebracht. Im darauf folgenden Jahr erfolgten die Arbeiten an der Umgebung. Die Kirchenweihe am 15. September 2002 beschloss die aufwändige, sechsjährige Renovation.