Православный храм Св. Кирилла и Мефодия расположен на южной окраине заповедной архитектурной зоны города Пршеров. Здание бывшей синагоги в Пршерове стоит в местах старинной синагоги, сооружённой по всей вероятности в XVI веке, которая в 1832 году сгорела во время пожара, в 1860 году была возведена заново, а в 1868 году опять сгорела дотла. Действующее здание было сооружено в стиле модерн по проекту Якова Гартнера – венского архитектора, уроженца города Пршеров, иудея по происхождению. Синагогу соорудили приблизительно в 1898 году и данный объект почти без изменений сохранился до наших дней.
Первые упоминания о иудеях в Пршерове датируются серединой XIV века, но абсолютно достоверные данные сохранились лишь со времён на сто лет позже. Больше информации о Пршеровской еврейской общине имеется с XVI века. Благодаря тому, что евреи находились под покровительством нескольких правителей города (дом Пернштейнов, дом Жеротинов), они не содержалиь в гетто, а жили свободно, в так называемой "еврейской улице", представлявшей собой узкую, вытянутую площадь, где с восточной стороны располагалась еврейская школа и госпиталь, а с северо-западной – синагога. Не смотря на множество высочайших повелений, старавшихся остановить рост еврейского населения в стране, еврейская община в Пршерове продолжает расти. Начиная с середины XIX века и до конца тридцатых годов ХХ века наступает период миграции еврейского населения, в основном молодого поколения, в крупные промышленные города. В самом Пршерове начиная с 90-х годов ХIХ века численность еврейского населения неуклонно падает. Во время второй мировой войны большая часть членов еврейской общины была депортирована в концентрационные лагеря, где почти все погибли. Однако синагогу удалось спасти, поскольку во время войны здесь расположили склад. В 1951 году здание синагоги выкупила от Оломоуцкой Еврейской общины Православная община из Пршерова.
Пршеровская православная община возникла в 1924 году, после отторжения православно мыслящих христиан от существовавшего в те времена чехословацкого вероисповедания. В Пршерове тогда приняло православную веру около 300 человек. Первым соборным священником стал Вацлав Чикл. После нескольких неуспешных попыток соорудить свой храм, в 1931 году было решено снять в аренду каплицу в неоготическом стиле, которая принадлежала немецкой евангелической церкви в Оломоуце. Позднее каплица была посвящена Св. Вацлаву (Вячеславу) и переустроена по основным правилам православной веры. Отец Чикл, который в конце тридцатых годов переехал в Прагу, был впоследствии в 1942 году казнён вместе с владыкой Гораздом, отцом Владимиром Петршиком и Яном Сонневендом за укрывательство парашютистов-диверсантов, совершивших покушение на германского протектора Гайдриха. По распоряжению немецких властей православная церковь была 27 сентября 1942 года запрещена, причём много православных было сослано в концлагеря и казнено в газовых камерах. После второй мировой войны жизнь православной церкви начала возобновляться. В начале пятидесятых годов в Пршерове началось расширение железнодорожного узла и действующий православный храм должны были снести. В этой связи православная община решила купить здание бывшей синагоги и переустроить её для нужд православных богослужений. Поскольку здание всю войну использовалось как склад, его техническое состояние оставляло желать лучшего. Ремонт продолжался до ноября месяца 1953 года и всего за четыре дня до Рождества Христова, храм был посвящён святым славянским учителям Кириллу и Мефодию.
В шестидесятых годах, в связи с расширением тепловых сетей, храм планировали снести, поэтому власти запретили вкладывать в храм капитальные средства. В связи с этим здание как бы исчезает в окружающем его городском хаосе и постепенно всё больше и больше ветшает.
В 1996 году благодаря совместным усилиям Православной общины и Муниципалитета города Пршеров начались работы по спасению вконец обветшавшего храма. Годом позднее объект признали памятником старины. Благодаря финансовой поддержке Муниципалитета г. Пршеров и Министерства культуры Чехии удалось до середины июля месяца 1999 года реконструировать внутреннее убранство храма. Фасадные и кровельные работы были завершены двумя годами позже. После ремонта, у входа в храм установили две памятные доски, посвященные еврейским и православным жертвам Второй мировой войны. Еще год велись работы по планировке территории. Освящение храма 15. okтября 2002 года окончательно завершило его шестилетню реконструкцию.